كانت النيابة برئاسة المحامي العام الأول المستشار خالد ضياء قد وجهت للمتهمين الانضمام لجماعة إرهابية وتلقي تمويل بغرض إرهابي، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب جريمة إرهابية.
كما وجهت لهم تهم القيادة في جماعة إرهابية الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين، ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحرية الشخصية للمواطنين والحريات والحقوق العامة والإضـرار بالوحدة الوطنية والسلام الاجتماعي والانضمام إلى هذه الجماعة الإرهابية، مع علمهم بأغراضـها ووسائلها في تحقيق تلك الأغراض وتمويلها بالأموال واستخدام مواقع على شبكة المعلومات الدولية بغرض الترويج لأفكار داعية إلى ارتكاب أعمال إرهابية.